Государственный музей истории и культуры Андижанской области хранит в своем фонде более 50 тысяч археологических предметов, охватывающих период с раннего палеолита до XV века и относящихся не только к истории Ферганской долины, но и всего Узбекистана.
После обретения нашей республикой независимости археологические полевые исследования приобрели новый характер. В 1994-1995 годах под руководством профессора С. Джалилова была изучена старая часть города Андижана. Археологами были обнаружены остатки городской стены и цитадели времен Захириддина Мухаммада Бабура, а также ценные сведения о древних градостроительных работах Андижана.
В 2020-2022 годах под руководством научного сотрудника Самаркандского археологического института, археолога-фергановеда Б.Абдуллаева были выявлены археологические объекты "Ханабад-I" и "Ханабад-II" в городе Ханабад Андижанской области. Они были курганами кочевых скотоводов, живших на этих территориях 2700-2500 лет назад. Разнообразная узорчатая керамика, кости, раковины, украшения из камня и металла и другие предметы, найденные здесь, украшают экспозиционные залы музея.
В сокровищницу музея также входят предметы, взятые у населения или найденные во время строительных, полевых и подобных работ на территории области. Один из них - БАЛБАЛ, который вошёл в музей в 1964 году.
Еще один экспонат в историческом отделе музея заслуживает особого внимания. Это надгробный камень, обнаруженный в селе Бутакора Андижанского района Андижанской области, являющийся одним из зрелых образцов искусства каллиграфии. Этот надгробный камень датируется 1323 годом и содержит следующий текст на арабской графике:
"Этот мавзолей - саид, великий имам, учёный, верующий, благородный аскет, благочестивый, достойный похвалы, обладатель фетв, из которого извлекаются решения и который (в фикхе) различает (классифицирует) нечестивые, разрушительные течения в исламе (то есть их фетвы с точки зрения суннитского вероучения), гордость семьи Ясин, плод великого дерева конца пророков (Мухаммад (мир ему и благословение), (Мухаммад (мир ему и благословение) является образцовым примером потомков Мустафы и Муртазы Али, совершенство тех, кто приводит рациональные доказательства, решающий сложные вопросы, которые не могут быть решены в фикхе, меч Истины и Религии, просветлённый и благоуханный мавзолей Мавланы Сайида Хасана ибн Махмуда ибн Мухаммада аль-Бухари, известного как шейх ислама и шейхов. Да охватит его Аллах Своей милостью и да будет Он доволен им. Он скончался в субботу вечером в девятнадцатый месяц Сафар в семьсот двадцать третьем году, достигнув семидесяти пяти лет, данных Аллахом. Да сделает Аллах его загробную жизнь благополучной".
Среди случайных находок интересным является АРТЕФАКТ КАМНЯ со специальными отверстиями в верхней части, найденный в 1964 году во время строительных работ на территории Андижана. Некоторые ученые называли его "каменем весов," в то время как другие думали, что это камень, который борцы поднимают во время тренировок. До сих пор такие камни были найдены только в поселениях, храмах или могилах эпохи бронзы. Поэтому число тех, кто утверждал, что эти предметы "должны быть предметами, связанными с богослужением," росло.
